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jeudi 29 septembre 2016

Alma in Silico met au point le Flickr de la recherche en biotech

Témoignage ADN IT. Soutenu par l'Europe, le projet développé à l'ULg vise à offrir une plateforme de partage de fichiers aux chercheurs actifs dans le domaine des sciences du vivant. Rencontre avec Xavier Tordoir, responsable du projet
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Mis à jour le 29/06/2011 | Imprimer | Envoyer

Témoignage réalisé en collaboration avec www.entrepriseglobale.biz.

Voici quelques années, le portail américain Yahoo! a racheté Flickr. En permettant de stocker, organiser et partager leurs photos, Flickr a facilité la vie de millions d'utilisateurs. D'autres sites de partage en ligne sont apparus, pour la photo, comme Picasa, pour la vidéo (YouTube, Dailymotion, Vimeo, etc.), les présentations Powerpoint/Keynote (Slideshare), les documents rédigés (Scribd). Aujourd'hui, ces sytèmes ont transformé le partage de fichiers en "simple" commodité sur le Web.

Ces applications "grand public" ont également rapidement envahi le monde professionnel. Il n'y a dès lors pas de raison pour que le monde académique et scientifique ne puisse, lui aussi, bénéficier d'une plateforme spécifique de partage et de gestion de fichiers.

Alma in Silico. Flickr pour les chercheurs en sciences du vivant

Le projet Alma in Silico, dont les développements informatiques sont pilotés par Xavier Tordoir, s'inscrit dans cette perspective. Soutenu par des fonds européens Interreg et développé à l'ULg, le projet vise à offrir une plateforme de partage de fichiers aux chercheurs actifs dans le domaine des sciences du vivant. Le besoin d'une telle plateforme s'est notamment fait sentir depuis environ 10 ans quite à la complexification toujours plus grande de la recherche en médecine et dans les biotechnologies. On est désormais loin des études génétiques isolées où les chercheurs, sur base de séries statistiques, établissaient de simples tables de probabilités de contracter telle ou telle maladie. Désormais, les analyses sont plus approfondies, induisant une complexité accrue des protocoles et des processus de recherche.

"Les chercheurs veulent à présent comprendre réellement les processus bio-chimiques qui se produisent dans le corps" explique Xavier Tordoir. "Pour ce faire, ils doivent élargir le champ des disciplines qui interviennent dans le cadre de leurs recherches. Outre la génétique, on retrouve ainsi de la protéomique (étude des protéines), de l'imagerie médicale, ou encore des sciences du comportement."

Gérer de plus en plus de fichiers, lourds et de formats différents

La plateforme de partage Alma in Silico ambitionne d'apporter d'importants gains de productivité aux chercheurs. Xavier Tordoir, Alma in Silico

Cette complexité grandissante de la recherche dans les sciences du vivant provoque une augmentation et une diversification très substantielles des volumes d'informations à traiter. "Les chercheurs doivent aujourd'hui manipuler des fichiers de plus en plus lourds, pesant souvent plusieurs dizaines de gigaoctets" indique Xavier Tordoir. "Or, leurs infrastructures informatiques n'évoluent pas toujours au même rythme. Ainsi, il n'est pas rare que des données d'imagerie ou d'analyse protéomique sur des populations de plusieurs milliers de sujets soient stockées sur l'ordinateur d'une seule personne dans un laboratoire. Les autres chercheurs doivent alors venir un à un, avec leurs propre disque dur, transférer les informations pendant de longues heures."

Au total, les chercheurs peuvent passer jusqu'à 20% de leur temps à manipuler, convertir ou transférer des fichiers de données de toutes natures résultants d'expériences multiples. La plateforme de partage Alma in Silico ambitionne, dès lors, d'apporter d'importants gains de productivité aux chercheurs ainsi qu'un nouveau confort sur ce plan.

L'outil devrait aussi permettre de standardiser davantage les formats afin de faciliter leur consultation et le croisement des données qu'ils contiennent. "Et nous entendons par ailleurs greffer des outils et des services d'analyse de ces données provenant de sources différentes", ajoute Xavier Tordoir.

Putting science in the cloud

L'approche Alma in Silico consacre la montée en force du Cloud Computing dans le domaine de la recherche scientifique, et en particulier dans celui de des sciences du vivant. Certes, depuis plusieurs années, les fermes de serveurs et les nuages d'ordinateurs en réseau augmentent la puissance de calcul à disposition des chercheurs pour analyser les milliards de données extraites de centaines de programmes de recherche. Désormais, le cloud computing pourra aussi les assister dans le traitement de l'information.

Ainsi, en stockant leurs informations sur le web, moyennant toutes les précautions nécessaires en termes de sécurité et de protection, les scientifiques et chercheurs du monde entier pourront initier de nouvelles formes de collaboration plus flexibles.

Un prochain service commercial?

Pour Alma in Silico, l'étape suivante sera, au terme de la durée prévue de la recherche académique, prévue dans un an, de mettre sur pied un service commercial, sans doute sous la forme d'une spin-off.

Xavier Tordoir et son équipe entendent également adapter les algorithmes développés dans le cadre de Alma in Silico pour les étendre à d'autres champs d'analyse. On le voit, la dynamique du partage de ressources grâce au Web, initiée par les acteurs de la recherche scientifique.

Pour en savoir plus

  • Alma In Silico Lien externe
    Laboratory activities in biotechnology and biomedical fields have a lot of manual operations that do not take advantage of modern IT technologies
    http://www.alma-in-silico.com
  • Programme Interreg IV Lien externe
    Le Programme Interreg IV France-Wallonie-Vlaanderen est un programme européen de coopération transfrontalière qui vise à renforcer les échanges économiques et sociaux entre les régions Nord-Pas de Calais, Champagne-Ardenne, Picardie en France et Wallonie-Flandre en Belgique
    http://www.interreg-fwvl.eu
  • Le Cloud Computing au service de la compétitivité des PME
    En proposant des ressources informatiques stratégiques sous la forme de "simples" services en ligne, à utiliser en fonction de ses besoins, le Cloud Computing devrait jouer un rôle majeur dans l'amélioration de la compétitivité des entreprises
    http://www.awt.be/web/res/index.aspx?page=res,fr,foc,100,111
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